Работы Парацельса не только способствовали привлечению химии к изготовлению лекарств. Химия стала частью медицины и в этом качестве в середине XVII века вошла в курс средневековых европейских университетов. Кроме того, многие ученые и практики, например Агрикола (1494—1555 гг.), Бирингуччио (1480—1539 гг.), использовали знание химии в металлургии, А.Нери — в стеклоделии, Б.Палисси — в керамике. Таким образом, химия часто вносила вклад в технический прогресс.Однако, хотя ведущие представители этой науки и перестали заниматься поисками философского камня, а некоторые из них даже надели профессорские мантии, химия еще не стала наукой. Не было еще общепризнанной системы фактов, закономерностей и фундаментальных положений, которые могли бы служить отправной точкой для дальнейших исследований. Не было единого мнения даже по столь важному вопросу, как понятие элемента.
Часть химиков придерживалась четырехэлементной системы Аристотеля, другая часть — трехэлементной системы Парацельса, а некоторые, например голландский естествоиспытатель Я. ван Гельмонт, имели свою точку зрения на этот вопрос, причем эта точка зрения была весьма далека от истины и к тому же не была общепризнанной. Таким образом, вопрос о понятии элемента был кардинальным в химии того времени. Вокруг него разворачивались подлинные научные битвы, но окончательного решения он так и не находил.
Поэтому поистине революционным деянием было опубликование в 1642 г. ректором Гамбургского университета Иоахимом Юнгиусом (1587—1657 г.) двух книг, в которых он дал понятие элемента. Юнгиус, исходя из атомистической теории Демокрита, дал удивительно близкие к современным определения понятий «смесь», «сплав» и «соединение». Эти определения и логические рассуждения привели Юнгиуса к выводу, что элементом следует считать такое химическое вещество, которое нельзя разложить на составные части. Он писал: «Значит, верна аксиома; те составные части каждого тела, которые растворяются в последнюю очередь, являются теми компонентами, из которых это тело составлено». Сам Юнгиус не был химиком — он был ботаником, математиком и философом, поэтому свои доказательства строил в основном на логических рассуждениях; однако в решении вопроса, является данное вещество элементом или нет, признавал правильным только экспериментальный путь.
В опубликованных по обычаю того времени тезисах своих работ он говорил совершенно ясно: «Поэтому серьезных философов не удовлетворяет тот химик, который может только разлагать кажущиеся однородными вещества и получать из них тела, аналогичные соли, маслам или меркурию (ртути); надо проводить не только разложения, но и предпринимать разложения кажущихся однородными тел различными способами, сравнивать их между собой, если хочешь постичь начала (компоненты) вещей. Но какие гипостатические начала (элементы) принять первыми для однородных тел, постигается не предположениями, а научными и непрерывными стараниями в наблюдении».
Не так далеко ушел от Юнгиуса английский химик Роберт Бойль (1627-1691 гг.), опубликовавший в 1661 г. книгу «Химик-скептик». Бойль был четырнадцатым ребенком графа Корка. Состояние, которое досталось ему в наследство, было достаточно велико — оно позволило ему вести жизнь частного ученого и оплачивать услуги -помощников в своих опытах. К таким помощникам относились гениальный физик-экспериментатор Роберт Гук (1635-1703 гг.) и химик Ханкевиц. Важнейшая научная заслуга Бойля — открытие закона сжатия газов, называемого в наше время законом Бойля — Мариотта. Книга «Химик-скептик» имела подзаголовок: «Химико-физические сомнения и парадоксы по поводу опытов, которыми многие схоласты пытались показать, что истинными началами веществ являются соль, сера и ртуть».
Бойль писал, что «под элементом подразумевают известные исходные и простые или не содержащие примесей тела, из которых непосредственно составлены все так называемые сложные тела и которые не разлагаются». Однако Бойль оставлял открытым вопрос, существуют ли вообще такие тела или они просто являются характеристикой материи и структуры основных начал, по которым построен окружающий нас мир. Во всех работах Бойль все же отстаивал точку зрения, согласно которой «люди сослужат лучшую службу миру, если они приложат все силы к экспериментированию и собиранию полученных наблюдении, чем если они будут строить теории без экспериментальной базы»; он утверждал вслед за Юнгиусом, что обоснованием понятия элемента должны быть не философские рассуждения, а экспериментально полученные факты.
Работы Бойля имели большой успех. «Химик-скептик» был переведен на понятную тогда большинству европейских ученых латынь и за несколько лет выдержал девять изданий. Тем не менее воззрения Юнгиуса и Бойля распространялись медленно. Еще в 1790 г. Королевская Академия наук в Берлине вновь подняла вопрос: «Действительно ли в природе существует лишь пять элементарных земель? Могут ли они переходить одна в другую, превращаться и, если это так, то как может протекать такое превращение?». Правильность новых воззрений нужно было доказать повсеместно, чтобы они были признаны.
